Obžaloba vznesená prokuratúrou v Madride označuje Junquerasa za hlavného organizátora vlaňajšieho zakázaného referenda o nezávislosti Katalánska, ktoré viedlo k jednej z najväčších kríz v moderných dejinách Španielska.
Sedem politikov vrátane Junquerasa, ako aj dvaja aktivisti sa už v súčasnosti nachádzajú vo väzbe a čakajú na proces, ktorý by sa mal konať začiatkom roku 2019.
Medzi obžalovanými nie je bývalý katalánsky premiér Carles Puigdemont, ktorý je v dobrovoľnom exile v Belgicku, pretože v Španielsku nie sú možné súdne procesy v neprítomnosti. Puigdemont je tiež obvinený zo vzbury.
Referendum o nezávislosti Katalánska sa uskutočnilo 1. októbra 2017 aj napriek nesúhlasu Madridu. Vlaňajší plebiscit bol podľa španielskej vlády a súdov v rozpore s ústavou. V deň referenda došlo na mnohých miestach k tvrdým zásahom španielskej polície voči voličom a zranenia utrpeli stovky ľudí.
Katalánsky parlament napriek tomu pristúpil 27. októbra k jednostrannému vyhláseniu nezávislosti. Nasledujúci deň španielska vláda uvalila na Katalánsko nútenú správu, odvolala katalánsku vládu a rozpustila regionálny parlament.
